Для солдат, офицеров и юнкеров на Ходынском поле был открыт летний военный госпиталь. При нем в 1897 году, по инициативе Великого Князя Сергея Александровича, командующего войсками Московского гарнизона, была возведена небольшая деревянная церковь с традиционным, для больничных церквей, посвящением – великомученику и целителю Пантелеимону. Скромный храм, представляющий собой деревянный сруб с алтарем и одноярусным иконостасом был построен всего за месяц и 27 июля (9 августа по новому стилю) освящен протопресвитером военного и морского духовенства - отцом Александром Желобовским. Автор проекта - архитектор Молчанов.
Средства на строительства храма пожертвовал московский купец Тимофей Павлович Городничев.
Помещение почти целиком занятое алтарем, было крохотным и вмещало всего 15-20 молящихся. К концу 1899 года количество живущих в летних лагерях возросло до трехсот человек. И 31 января 1901 года начальник штаба Московского военного округа генерал – лейтенант Л.Соболев просит протопресвитера Александра Желобовского утвердить план уже каменного храма. Проект каменного храма был утвержден (чертежи храма не сохранились и архитектор неизвестен) и 8 июля 1901 года благочинный церквей Первой гренадерской дивизии протоиерей Иоанн Орлов совершает чин закладки храма. 17 июля из духовной консистории был получен освященный антиминс. Храм строился попечением статского советника Ивана Андреевича Колесникова в память об избавлении от болезни Государя Императора.